Palírna Glengoyne byla založena r. 1833 na místě dřívější palírny. Palírna je v provozu nepřetržitě od svého založení, ale jméno Glengoyne je používáno až od r. 1905. Před tím vystřídala několik jmen. Současné jméno je odvozeno ze staršího názvu Glen Guin, což znamená Údolí divokých husí. V r. 1966 prošla palírna rekonstrukcí, během které byl zvýšen počet kotlů z dvou na tři. Whisky Glengoyne je produkována jako 10-, 17-, 21- a 30-letá, dále byla lahvována 2000AD Millenium Malt a ročníková plnění Vintage Reserves. Whisky se také používá do míchaných Lang's, Famous Grouse a Cutty Sark.Zajímavostí je, že pomyslná čára oddělující oblasti Highlands a Lowlands prochází touto palírnou. Whisky Glengoyne se destiluje v Highlands, ale zraje v Lowlands.