Palírna Scapa byla založena Johnem Townsendem a MacFarlanem na největším z Orknejských ostrovů v r. 1885. V r. 1936 byla palírna prodána bratrům Blochovým, majitelům Glen Scotia v Cambeltownu a v r. 1954 ji koupil Hiram Walker, který ji vybavil destilačním kotlem typu Lomond. V současnosti palírna patří společnosti Allied Distillers, která je od r. 2005 pod kontrolou Pernod-Ricard. V letech 1994-2004 byla palírna mimo provoz kvůli přestavbě a modernizaci. Slad na výrobu whisky se zde nesuší nad rašelinou, což způsobuje jemnější a méně kouřovou chuť než u většiny ostrovních whisky. Donedávna byla whisky Scapa stáčena jako 14-letá, v současnosti je jediným produktem 16-letá whisky.